Kocaeli’nin 16. yüzyıldan kalma başka bir önemli tarihi hazinesi de Gebze ilçesinde yer alan Çoban Mustafa Paşa Külliyesi. Mimar Sinan’ın tasarladığı külliye, 1523 yılında Yavuz Sultan Selim’in damadı adına inşa edilmiş. İçerisindeki cami, medrese, türbe, kütüphane, imaret, darüşşifa, paşa odaları ve kervansaray bölümlerini gezebileceğin devasa külliye, 2012 yılında restore edildi ve 2015 yılında tekrar ibadete açıldı.
